grudzień 1939 – styczeń 1941
Niemcy utworzyli zespół rzeczoznawców, na czele którego stanął gen. M. Schindler i ppłk dr Schrotter (ogólną wartość majątku oszacowano na 5.537.600 Reich Mark i dodatkowo wartość maszyn na 5.502.550 Reich Mark). Podjęto także kluczową decyzję o zmianie zakładu na bazę zaopatrzeniową, w której Niemcy rozpoczną produkcję smarów i mieszalnie produktów ropopochodnych przeznaczonych na potrzeby wojska. styczeń 1941 - czerwiec 1941 – Niemcy uruchamiają zakład jako bazę materiałów pędnych („Wehrmacht Nachschub Lager Limanowa”). Wydzielono także część cywilną zakładu pod nazwą: Karpaten Aktiengesellschaft Rafinerie Limanowa „Karpathen ÖL” (Karpacka Spółka Akcyjna Rafineria Limanowa) była zarządzana przez Niemca Emila Montiena. 22 czerwca 1941 – Atak Niemiec na ZSRR, zmiany organizacji pracy w rafinerii.